在银行的支付体系中，大额支付系统和小额支付系统是两个重要的组成部分，但它们在多个方面存在显著区别。

首先，从交易金额的限制来看，大额支付系统通常处理较大金额的支付业务，一般没有明确的上限，适用于金额较高的资金转账，例如企业间的大额资金结算、金融市场交易等。而小额支付系统主要处理金额相对较小的支付业务，通常有一定的金额上限，比如常见的个人消费支付、工资发放等。

其次，在处理的时效性方面，大额支付系统实行逐笔实时发送、全额清算资金，交易的处理速度快，能够满足资金快速到账的需求。相比之下，小额支付系统在一定时间内批量处理支付业务，对时效性的要求相对较低，但能够处理大量的小额交易，具有较高的处理效率。

再者，费用方面也有所不同。由于大额支付系统对实时性和安全性要求较高，其交易费用相对较高。小额支付系统因批量处理和较低的时效性要求，费用通常较为低廉。

然后是运行时间。大额支付系统的运行时间相对较短，一般在工作日的特定时间段内运行。而小额支付系统的运行时间较长，甚至在部分非工作日也能提供服务。

在安全性和风险控制方面，大额支付系统由于涉及巨额资金，采取了更为严格的安全措施和风险控制机制，以确保资金的安全和准确处理。小额支付系统虽然也有相应的安全保障措施，但相对而言不如大额支付系统严格。

下面通过一个表格来更清晰地对比两者的区别：

总之，银行的大额支付系统和小额支付系统各自具有特点和优势，共同构成了完善的支付清算体系，满足了不同类型和规模的支付需求，为经济活动的顺利进行提供了有力支持。