A50ETF跟踪的指数是富时指数公司编制的，这个指数将中国A股总市值最高的50家公司编制而成；而上证50ETF跟踪的指数是上证50指数，该指数是中证指数基金公司编制的，标的股不一定是市值最高的公司，所以标的股是不一样的。

总的来说，这两只ETF的标的股相差不大，投资者可根据自己的喜好选择A50ETF或上证50ETF投资。