京东上的京东自营旗舰店和官方旗舰店的区别是：京东自营旗舰店就是厂家将商口卖给京东后，京东再卖给消费者的过程。而官方旗舰店是由厂家直接卖给消费者的。

自营旗舰店是指生产厂家自己经营的旗舰店。官方旗舰店指的是经生产厂家官方认可的旗舰店，包括自营店。一个品牌一般只有一家自营店，但可以有很多家官方旗舰店。

自营和直营是一个意思，正确区分是自营和联营，联营是店铺类似天猫，总体来说自营发货快，联营要选择品牌旗舰店。