目前，个税专项附加扣除申报方式有扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报两种。

扣缴义务人申报

扣缴义务人申报是按月来进行个税专项附加扣除的，由单位财务人员进行操作，纳税人在取得收入的当月就可以享受税收优惠，比较适合收入来源比较单一的纳税人。

综合所得年度自行申报

综合所得年度自行申报是先将个人所得税进行扣除，然后在来年由纳税人自行前往当地税务部门办理个税专项附加扣除申报，然后由税务部门办理退税。一般来说，综合所得年度自行申报比较适合收入来源比较广泛的人。