1、代码不同：上证指数代码为000001，上证个股代码以60开头，深证指数代码为399001，深证个股代码以00开头。

2、上市场所不同：上证在上海交易所交易，深证在深圳交易所交易。

3、新股停牌规则不同：沪市新股上市首日涨幅达到规定的限制，停牌30分钟，深市新股上市首日盘中涨幅与开盘涨幅之差首次达到10%时，交易所对其实施临时停牌30分钟。