1、交易场所不同：指数基金分为场外指数基金和场内指数基金，场外指数基金不在证券交易所交易，场内指数基金在证券交易所交易；ETF基金在证券交易所交易。

2、交易规则不同：指数基金（场外）实行T+1交易，每笔交易都是按照收盘时的净值进行成交，没有涨跌幅限制，没有最小交易单位，有最低交易金额（各基金不同）；ETF基金实行T+1交易，当天买入，第二个交易日才能卖出（跨境ETF、债券ETF、货币基金ETF、黄金ETF除外，实行T+0交易），按照市场实时价格进行成交，遵循价格优先、时间优先的原则，涨跌幅限制为10%，每个成交单位为100份。

3、交易手续费不同：指数基金（场外）手续费包括申购费、赎回费和运作费；而ETF基金只有交易佣金。