农村合作医疗与城镇医保最主要的区别在报销范围和报销比例上。比如农村合作医疗报销范围比较小，只限于乡镇的卫生所和县城的小医院门诊可以报销，大医院门诊不能报销，只有住院能报销。城镇医保大医院门诊和住院都能报销，只不过医院等级越高，报销比例会越低。