医保断缴3个月是不会清零的，但是具体的影响，各地区不完全相同，因为不同地区的医保政策也是不完全一样的。

以广州市为例，医保断缴3个月的影响为：

1、医保断缴超过一个月，职工就不能再享受医保报销待遇了；

2、如果想在广州市入户入学、购房买车也会受到一定影响；

3、因为医保需要满足固定的年限才可以终身享受医保待遇，断缴时间过长，累积工作时间也会变久。