先从公积金账户中扣除，然后按月偿还公积金贷款。在还款日，系统会先从出借人的公积金账户中扣除，在资金不足的情况下，再从出借人绑定的银行卡中扣除。如果不办理每月贷款还款业务，则直接从绑定银行卡内扣款。

住房公积金扣款不成功会第二次扣款吗？

住房公积金扣除不成功的会二次扣除。第二次扣公积金与第一次扣公积金的时间间隔约为一天。对于公积金贷款买房，用户需要定期还贷款银行的钱，让银行及时扣款，如果银行第一次没有扣款成功，会发消息提醒贷款人，并在第二天进行扣款。